Как и написал
Fanamura - можно при обращении указывать к какой именно БД.
Чуть более изящным решением для частого обращения к нескольким базам было бы добавить подключения в конфиг файл "database.php" например у меня есть там 2 массива - default (стандартная структура для коханы) и old_crm - отсюда тяну данные.
'oldbase' => array(
'type' => 'PDO',
'connection' => array(
// Параметры подключения
),
),
'default' => array
(
'type' => 'MySQLi',
'connection' => array(
// Параметры подключения
),
),
А при вызове потом просто указываете
DB::select()
->from('table')
//
->execute('oldbase');
}