MySQL не имеет источников точного времени иных, нежели операционная система.
Начните с простого - перезапустите MySQL, а затем сверьте время в OS и в MySQL. Убеждён, что они совпадут. Затем - мониторьте разницу времени по мнению OS и MySQL в течение достаточно длительного периода времени. Если MySQL не обращается к OS за текущим временем, а считает время самостоятельно, то при достаточно длительном мониторинге это станет заметно. Но всё это обязательно в рамках одного инстанса OS и напрямую, а не издалека, по сети, да через прокладки в виде каких-нибудь веб- или скриптовых серверов.
Конечно, это можно узнать и просто анализом исходного кода, но это неспортивно...
К слову - SYSDATE() гарантированно получает аппаратное время системы.
смотрел в открую консоль одновременно и на секунды на этом сайте, и как только секунда изменилась ( получается в самом начале ) я нажал на enter что бы выполнить команду, и разница была в 2 секунды
Ага... а то, что от изменения времени в системе и до отображения его на экране могло и больше, чем 2 секунды, пройти - вы не учитываете, да?
Вообще MySQL не имеет средств прямого обращения к функциям OS или запуску внешних программ. Но если очень хочется - есть готовые библиотеки с такими возможностями, или можно свою состряпать. И тогда увидеть, есть ли разница на самом деле, и если да, то какова она.
В самом крайнем случае - сбрось результат функции в файл, и сравни значение в файле и время создания файла. Правда, емнип, точность времен операций с файлами в ФС - как раз 2 секунды и есть.