Как-то вы разные понятия путаете.
Если он загрузил на сайт PHP-файл, так чтобы тот выполнялся при обращении из браузера, то можно считать что сайт взломан! Он там и рекламу может разместить, и выкачать закрытый контент и т.п.
Если он сумел JavaScript разместить на странице, то он только на эту страницу может влиять, причем уже в браузере, а не на сервере.