Рисков нет, используйте. Можно просто сделать безопасное стирание всех разделов диска - эта фича есть в большинстве современных утилит для работы с разделами.
У меня есть два способа загрузиться с usb
1.При включении пк перейти в интерфейс uefi и в разделе boot menu выбрать usb и загрузиться оттуда.
2.При включении пк вызвать отдельное boot menu и выбрать usb для загрузки.
Есть ли какая то разница между этими способами загрузки с точки зрения безопасности?
Разницы нет - и то и то работает одинаково.
И вообще если пк заражен активно ли какое то вредоносное ПО во время нахождения в интерфейсе uefi?
Если прошивка заражена - есть шанс, что даже перепрошивка не поможет при использовании встроенных средств. Лучше перепрошивать с лайв утилиты, если такая имеется для вашей материнской платы.