Сделать два файла конфигурации и менять их местами, когда необходимо :-) Первый отключать, включать второй и наоборот.
Или использовать директиву
include.
Процесс можно автоматизировать. В том числе и вариант с комментариями (хотя именно с комментариями будет сложно, можно более простой вариант найти). Думаю, можно просто сделать шаблон файла конфигурации с текстовым маркером вместо
server или адреса сервера, заменять этот маркер на нужное значение (типа:
sed -i.bak s/anymarker/192.168.12.2/g example.conf) и затем заменять файл конфигурации.