Чтобы делать это без потери качества - нужно чтобы исходный формат это позволял.
В идеале это делается еще на этапе монтажа, еще до перегонки в хорошо сжатый вид.
Если у вас уже полностью смонтированный и уже пожатый материал, то
без потери качества уже не получится. В принципе не получится.
Смиритесь, качество теряется, если вы не работаете с исходным (несжатым или слабосжатым) материалом.
Другое дело, что можно минимизировать эти потери качества путем подбора правильных параметров пересжатия.
Если вам нужно поставить работу по нанесению символа на поток - то специализированные утилиты командной строки вам помогут.
Помимо удобства массовой обработки большого количества файлов - еще и удобно контролируют потерю качества.
AviSynth - имхо, лучшая из них.
Но я не понимаю:
А зачем вам сохранять идеальное качество, если вы все равно собираетесь налепить огромный водяный знак на картинку? С точки зрения человеческого восприятия качество же все равно упадет. Зачем пытаться сохранять кристально чистую картинку за пределами водяного знака? Человеческий глаз все равно это не оценит.