Что проблема из-за защиты это 100% уже выяснил.
Каким образом? Дизассемблировали и декомпилировали? Тогда и до "патча" недалеко, то есть просто сломайте защиту, проще всего сделать это отредактировав сам исполняемый файл, но можно и "лаунчер" написать, который будет загружать его в память, вносить изменения и выполнять.
Можно ли как-то обойти перехват WINAPI функций?
Лучший способ обойти перехват - отказаться от автокликера, если игра онлайн то вообще лучше имитация сетевых запросов, если нет, то тот же принцип, что и с "патчем", в любом случае даст гораздо больше.