А как с такой организацией Вы будете закрывать доступ к файлам (например, только френдам), если это планируется на перспективу? И не может ли быть повторной заливки файла с тем же именем, но другим контентом?
Ещё один момент - при такой организации, если объём данных вырастет, то работать бэкапным или репликационным программам будет непросто: им придётся сканить все эти папки. Но это можно решить на этапе реализации, если при заливке ставить какой-нибудь флаг для этих программ (мол, забери себе файл по такому-то пути).