Я бы открыл WinHex (с правами админа), там Tools->Open Disk->Physical Drive->флешка (именно physical, а не logical).
Потом забить нулями, можно только самое начало (Edit - Fill Blocks, кажется).
Этим мы затираем MBR, заставляя винду при следующем подключении полностью воссоздать MBR и файловую систему.
Если не поможет - на usbdev искать сервисные утилиты для конкретно вашего контроллера флешки и выполнять низкоуровневое форматирование (или полную перепрошивку).
