Ну так всё и без того правильно. jQuery будет подключен первым, затем script.js, затем script2.js. А вот откуда Вы взяли $window? jQuery не определяет такую переменную. К тому же, возможно, Вы пытаетесь обращаться к jQuery ДО ТОГО, как загрузилась DOM. Я лично делаю так:
...
<body>
...HTML content...
<script type="text/javascript" src="js/jquery.min.js"></script>
...здесь подключаем остальные скрипты, которые зависят от jQuery...
<script type="text/javascript">
(function($, window, undefined) {
...а здесь пользуемся $(что-то там) в свое удовольствие...
})(jQuery, window);
</script>
</body>
...
