По умолчанию такого происходить не должно. В гайдах андроида рекомендуется всегда использовать последние версии build tools и compile SDK. Это просто версия компилятора, грубо говоря, а на успешность сборки может повлиять только исходный код. Конечно, могут быть какие-нибудь баги в новых версиях компилятора, но это исключительные случаи. Обратная совместимость - одно из главных требований к средствам сборки.