Для начала загляните в корзину, может повезет и Вы восстановите все "одним кликом".
Если не повезло, то только получится содержимое файлов восстановить используя:
git fsck --lost-found --full
Все файлы будут лежать в .git/lost-found/other/
Единственное придется как-то восстановить дерево каталогов и имена файлов вручную, потому что ни одного дерева не восстановилось из git-объектов.