Вообще я использую статистику хотлога. Т.к. это был первый счетчик, который я начал использовать.
Яндекс метрика имеет в коде фигурные скобки, что хреново отражается на моей CMS, которая использует смарти тэги, поэтому ее стараюсь не юзать.
Ну а так, из-за сео, на некоторых проектах ставлю по-максимуму счетчиков, вводя их в теги
Часто эти счетчики позволяют учавствовать в рейтинге, что дает внешнюю ссылку с хорошим тиц и пэйджранк.
В принципе, всё везде одинаковое, остальное — спецэфекты.