Тоже задавался таким вопросом. Я использовал сначала только Google Analytics. Но чем-то Яндекс.Метрика понравилась, плюс когда сайт «падает» сообщение на мобильный приходит :) А так использую связку Яндекс.Метрика + Google Analytics — более полная картина прорисовывается.