например в сборке GNU GCC для ARM есть такая утилита как objcopy, она конвертирует форматы, в том числе может перегнать ELF в голый бинарник, например так:
arm-none-eabi-objcopy -O binary "Boot_F4_fast_uart.elf" "Boot_F4_fast_uart.bin"
так что советую ознакомиться с маном на objcopy https://sourceware.org/binutils/docs/binutils/objc...