Не стОит пренебрегать самыми экзотичными версиями, пока автор вопроса не дал оснований отмести такие версии с ходу. Поэтому спрошу - а может, данный раздел просто не установлен как активный (загрузочный)? Или диск размечен в формате MBR, и физический сектор диска, содержащий главную загрузочную запись (цилиндр 0, головка 0, сектор 1) неисправен?
Первое легко восстановимо, второе - нет.