Можно, если осторожно :)
А по делу - у меня есть один скрипт, в котором смешаны php, немного bitrix api, js и api яндекс карт, мне нравится как получилось и отрабатывает прекрасно, а вот у моего друга, более опытного разработчика был небольшой приступ
Если сделать аккуратно и правильно - конечно можно)