Можно, если осторожно :)
А по делу - у меня есть один скрипт, в котором смешаны php, немного bitrix api, js и api яндекс карт, мне нравится как получилось и отрабатывает прекрасно, а вот у моего друга, более опытного разработчика был небольшой приступ
Если сделать аккуратно и правильно - конечно можно)

Была похожая задача, 3 уровня, в на 2 и 3 уровнях элементы ИБ, 1 всегда разделы, делал ручками, в result_modifier запилил сбор массива из разделов 3 уровней, потом туда же дописал подхват элементов с нужного уровня, получился довольно сложный массив содержащий инфу из 2 инфоблоков
Потом опять же ручками цикл в котором формируется само меню и везде без проблем дописал условие, к примеру если раздел, выводим название раздела без ссылки, если элемент - немного меняем стиль и добавляем ссылку
Если нужно поищу исходники result_modifiera и самого меню