Ну, вообще, стандартный printStackTrace пишет в System.err => должно попадать в журналы приложений. Вы куда именно смотрите? А всё из System.out / System.err попадает туда?
Everything the servlet writes to the standard output stream (System.out) and standard error stream (System.err) is captured by App Engine and recorded in the application logs. Lines written to the standard output stream are logged at the «INFO» level, and lines written to the standard error stream are logged at the «WARNING» level. Any logging framework (such as log4j) that logs to the output or error streams will work. However, for more fine-grained control of the Admin Console's log level display, the logging framework must use a java.util.logging adapter.
Так что ПО ИДЕЕ должно работать.
НО! Когда я пишу в System.out/System.err — оно уходит в никуда. Смотрел «все уровни» — нету! Уже и в конфигурации приложения устанавливал ALL — не идет. А вот стандартный java.util.logging.Logger — работает без проблем.
Кстати, что интересно, System.out.println(«test») в логах появляется. А вот System.out.print(«test») — нет. Если же добавить в конце строки символы "\r\n" — начинает появляться. То же самое и с System.err. Видимо недоработка Google…