Смотрите, какой софт используется в магазине для учета остатков на складе, затем смотрите, как остатки в нем синхронизировать с внешними приложениями. Скорее всего стоит 1с торговля и склад, если в ней не разбираетесь, нанимайте 1с программиста и ставьте ему задачу отправлять данные об остатках в ваш интернет движок. Престой не пользовался, но насколько я знаю интеграция с 1с есть для этого движка. Погуглите решения. Если складского софта в магазине нет - ставьте, без него ничего не сделаете. Совет Александра об интеграции плагина браузера с ком портом и прочем мягко говоря бредовый.