Скрипты обычно подгружаются в шаблон через функции wp_footer() - в шаблоне футера и wp_head() - в шаблоне хедера.
Сам перечень скриптов обычно подключаются в functions.php через
add_action('wp_print_styles', 'add_my_stylesheet'); - для стилей
add_action('wp_enqueue_scripts', 'add_my_scripts'); - для js скриптов.
Для того что бы установить свой файл скрипта или файл таблицы стилей нужно сначала их зарегистрировать в wp(если быть дословным), а затем подключить. Делается это через функции
wp_register_style() - для стилей
wp_enqueue_style() - для стилей
wp_register_script() - для скриптов
wp_enqueue_script() - для скриптов
В параметрах этих функций можно указать порядок вывода скриптов и в каком месте выводить(хедер или футер).
Так же js или css могут подключатся в плагине через те же функции.