Все работает, отмечу что копирования нужно делать следующим образом:
создаём новый каталог (добавив точку в начало его названия, чтобы не получить ошибки на следующем шаге):
$ mkdir .dir3
перемещаем в этот каталог всё содержимое текущего каталога:
$ git mv * .dir3
переименовываем каталог, убирая первый символ — точку — из его имени:
$ git mv .dir3 dir3
проверяем, всё ли верно:
$ git status
# On branch master
# Changes to be committed:
# (use "git reset HEAD ..." to unstage)
#
# renamed: dir/index.html -> docroot/dir/index.html
# renamed: index.html -> docroot/index.html
#
делаем git commit