Где в git посмотреть, что он игнорирует для коммита?
в файле .gitignore, который находится в корне твоего репа (но его могут дополнять или наоборот аналогичные файлы на любом уровне вложенности в репозитории. то есть, ты склонировал с гитхаба, в том каталоге, скорее всего, свой .gitignore)
кстати, лучше осилить submodules или subtree и не заниматься такой акробатикой.