>>> import datetime
>>>
>>> lst = [[datetime.datetime(2016, 6, 19, 23, 5, 33, 899000),
... datetime.datetime(2016, 6, 19, 23, 5, 33, 897000)],
... [datetime.datetime(2016, 7, 31, 19, 29, 56, 608000),
... datetime.datetime(2016, 7, 31, 19, 29, 56, 605000)]]
>>>
>>> list(map(min, lst))
[datetime.datetime(2016, 6, 19, 23, 5, 33, 897000), datetime.datetime(2016, 7, 31, 19, 29, 56, 605000)]
>>>
Если у тебя список неправильно сделан (много лишних вложенных списков), то сначала нужно его привести к правильному виду; не нужно писать код для неправильного списка.