То что вы описали, это не «построение производственной линии», а разработка техпроцесса. Есть например,
ВЕРТИКАЛЬ от Аскона. Софт достаточно сложен в освоении и заточен под машиностроение. Но очень гибкий, им можно решать любые задачи технологов, формировать отчеты, выводить маршрутные карты и пр.
Однако, мне кажется, что вы преувиличиваете проблему. Для небольшого производства все это можно сделать вручную. Большая часть проблем лежит не в сфере автоматизации, а в правильной нормировке операций. Ну и что такое Теория ограничений неплохо бы понимать :)