хранить в mysql но я подозреваю что клеток будет миллиарды и боюсь что с хранением возникнут огромные проблемы.
Сервера БД прекрасно манипулируют с миллиардами записей.
Другое дело, что могут быть проблемы при быстром получении больших объемов данных большим количеством пользователей.
Но в общем случае - "миллионы" и "миллиарды" это не страшно для СУБД.