1) Создайте новый способ доставки -
автоматизированный обработчик службы доставки.
2) Загрузите список городов в хайлоад блок.
3) В обработчике в методе Compability будете проверять есть ли $arOrder["LOCATION_TO"](если не ошибаюсь) в хайлод блоке . если есть возвращаете профиль доставки, если нет, то пустой массив.
4) если для городов разная стоимость доставки в методе Calculate делаете расчет стоимости.