Это делается при помощи плагинов. Вот на выбор antrun и maven-resources-plugin:
<build>
<plugins>
<plugin>
<artifactId>maven-antrun-plugin</artifactId>
<executions>
<execution>
<phase>validate</phase>
<configuration>
<tasks>
<copy todir="${project.basedir}/target/jfx/speedmap">
<fileset dir="/home/fluent/mapGr"/>
</copy>
</tasks>
</configuration>
<goals>
<goal>run</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>
<plugin>
<artifactId>maven-resources-plugin</artifactId>
<version>3.0.1</version>
<executions>
<execution>
<id>copy-resources-foreign</id>
<phase>validate</phase>
<goals>
<goal>copy-resources</goal>
</goals>
<configuration>
<outputDirectory>${project.basedir}/target/jfx/speedmap</outputDirectory>
<resources>
<resource>
<directory>/home/fluent/mapGr</directory>
</resource>
</resources>
</configuration>
</execution>
</executions>
</plugin>
</plugins>
</build>
Есть директории, лежащие вне Java -проекта. Это не ресурсы (их надо копировать в директорию, отличную от target\classes).
В вашем случае это всё-таки ресурсы. Просто по умолчанию maven считает ресурсами только контент из директорий src/main/resources и src/test/resources. Вам просто нужно сказать где ещё располагаются ресурсы, необходимые для сборки проекта.
Вообще говоря, не очень хорошо завязываться на внешние по отношению к проекту ресурсы. Это усложняет вхождение новых участников, так как теперь уже недостаточно просто запустить mvn install и получить готовый артефакт. Да и сами потом забудете/запутаетесь, будете тратить время на вспоминание как правильно собирать проект. Хотя, конечно, хозяин - барин.