Вопрос до нельзя простой.
Надо завести фтп пользователя, который будет лить сайты в свою папочку и они не будут "фордыбачить". То есть файл заливает некий vasya, и его открывает и исполняет nginx, который работает от www-data. Да гуглил, искал. Накопировал команд со стака и оно, вроде, работает, пока php не начнет открывать или записывать файлы, который тоже от www-data. В итоге идеальной "палочки-выручалочки" не нашел или, может быть, вовсе изначально неверный подход выбрал.
Дабы уточнить сразу - имею голый vds сервер . Возможно, будет полезно кому-нибудь, кто нагуглит.