Все описано
здесь и
здесь
Чтобы ввести в курс дела, опишу кратко:
Необходимо к студии подключить Android NDK, в проекте создать папку jni, файлы Android.mk и Application.mk, и в gradle прописать пути к исходникам. В Cшных файлах нужно экспортировать методы, которые должны вызываться из java