Как правильно организовать работу?
Так как вся работа проводиться внутри папки OpenServer/domains/, можно ли ее назначить репозиторием, чтобы поработав над проектом и сразу коммит и пуш в удаленный репозиторий?
OpenServer/domains/example.com
. Там же работать и просто периодически синхронизироваться с удалённым сервером. Ничего никуда вручную на локальном компьютере копировать и переносить не нужно.