мб проблема со спец. символами в названиях? Если пользуетесь через gitolite, то проверить с выводом дебага доступ к репозиторию можно так: ssh user@host.net -T -vvv
И проверьте конфиг ssh ./.ssh/config
Что-то похожее получал при кривых правах в gitolite (ssh висел, клянчил пароль в фоне, т.к. получал левый ключ от root, а не обычного пользователя).