можно сделать следующим образом : скопировать все данные на новосозданный виртуальный жесткий диск (vhd) и переносить на новый сервер только файл виртуального жесткого диска.
Вы сможете его далее подключить в папку, где должны находиться ваши файлы.
Все изменения будут храниться в нём же. Внутри.
При (вдруг) следующем переносе достаточно будет безопасно его отмонтировать и опять перенести только vhd, избегая копирования кучи мелких файлов длительное время.
По сути этот способ очень похож на архивацию без сжатия, только предполагает использование "архива" наживую и прозрачно на новом месте.
Альтернативно - настраивайте общую синхронизацию, так, чтобы у вас на новый сервер всегда уезжала копия данных, лежащих на основном. Подключили новый сервер - засинкали - отключили старый. Всё.
