давайте составим чеклист для проверки сервера. с чего нужно начинать, какой набор программ / скриптов использовать. все сервисы уже установлены, и так скажем крутятся несколько сайтов даже. может есть уже где примеры. по типу — проверка ab, mysqltuner, mysqlreport, php -m, apache -M, sysctl.conf, etc.
Для начала нужно понимать какая связка.
судя по перечисленным командам — обычный LAMP?
Предлагаю тогда начать со списка подсистем которые вы хотели бы проверять.
например:
1. Дисковая подсистема.
2. Сервер БД
3. Сервер приложений
4. Фронтэнд сервер (кеширующий обратный прокси например)
5. Качество запросов в БД (последний по списку но первый по необходимости проверки пункт)
Далее понять где же затык и только тогда начать анализ.
А вообще у меня лежит черновик статьи на данную тему. Выложу через пару дней.
Сложный
