Обновления винды бывают двух видов. Одни просто заменяют файлы на новые версии (или добавляют файлы, которых не было). Другие - ищут в существующих файлах нужные участки и заменяют их новыми вставками. Второй вариант позволяет сильно снизить размер скачиваемых обновлений, но сам процесс патчинга потребляет больше ресурсов чем простая распаковка.
Плюс к этому в процессе обновления делается куча работы по изменениям в реестре, который сам по себе файловая система в файле, работа с манифестами, суперфетч, и куча других заморочек и костылей.
Так что не заморачивайтесь. Тормоза при обновлении - это defected by design, неотъемлемая часть винды.
