зависит от элементов и от замысла в их дизайне. если планируете создать адаптивный сайт, то могут использоваться как проценты, так и пиксели. пиксели лучше применить для элементов, дизайн которых в мобильной версии сайта и десктопной отличаться не будет. а проценты - для динамически-адаптируемых элементов. Например я создаю div, который должен немного отступать от правого края, при этом изменяется ее ширина и соотношение отступа к ширине элемента. тогда проще применить проценты. При этом высоту этого же элемента я могу задать в пикселях и она будет одинаково отображаться на обеих "версиях" сайта.