В ios можно косвенно:
1) в апп стор сабмитим стандартное приложение. Приложение должно быть зарегистрировано на открытие спец url, к примеру app://бла-бла. Подробней у разработчика под ios.
2) при первом запуске приложения оно открывает специальную страницу/ссылку на Вашем сайте. Данная страница должна будет перенаправить обратно в app по ссылке app://<данные, которые нужно передать в приложение>.
3) приложение обрабатывает ссылку и вытаскивает нужные данные, к примеру логин/токен.
Это будет работать только в случае если пользоватль будет иметь активную сесию в браузере safari, иначе не понятно будет чей токен отдавать. Ну и для пользователя это будет выглядеть как запуск приложения-->сразу открывается браузер-->опять кидает в приложение. Подобный механизм используется в facebooke.