Пример из жизни.... некий сайт А, имеет дыру, через которую можно легко загрузить однофайловый файловый менеджер, через браузер обращаемся к нему, и вуаля, все файлы сайта у нас на ладони, но помимо сайта, мы имеем доступ к тем сайтам которые расположены рядом, а также доступ ко всему жесткому диску сервера. Поэтому как минимум нужно организовывать сайты на своём хостинге таким образом, чтобы пользователь из под которого работает веб сервер, не мог выйти за пределы отведенной ему директории