Вы уверены что только 32 битные перестали запускаться?
Ярлыки программ отношения к битности программы, на которую они ссылаются, не имеют.
Что происходит при запуске? Ошибка? Какая? Скриншот приложить было бы не плохо.
Посмотрите что прописано в реестре: HKLM\Software\WOW6432Node\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon параметр Userinit. Должно быть "userinit.exe".