DHT - всего-навсего один из частных случаев Overlay Network. Строго говоря, это любая сеть, построенная «поверх» другой (отсюда и overlay). Самый доступный к пониманию частный случай - VPN.
Внутрь одной ipv4/v6 сети пихаем еще парочку. Заголовки ipv4/v6 инкапсулируются внутрь заголовков какого-нибудь туннельного протокола и отправляются средствами того же ipv4/v6. Как уже ответили выше, самый простой для понимания случай — VPN: в физической сети своя маршрутизация, в оверлейной — своя. Совсем не обязательно использовать DHT в таком случае.
На картинке хороший пример
Сложный
