В принципе, нет ничего сложного в использовании Identity без EF.
Я, например, вместо EF в разрабатываемом сейчас проекте использую
Dapper от Stackoverflow. Это не большая ORM, отсюда выигрыш в производительности раз в 10-12. А если к нему еще добавить плагины (SimpleCRUD и др.), то можно избавиться от самостоятельного написания запросов.
По теме,
тут неплохая статья-туториал по избавлению от EF в Identity