Служба какая-то висит и постоянно что-то дергает. Или программа, стартовавшая в фоне без значка в трее типа радмина. Список процессов смотрите и список служб.
командная строка появляется для выполнения какого то bat/cmd файла. Вопрос что этот файл делает. Я бы сначала вычислил что за файл (с помощью hijackthis), далее изучил его содержимое (они бывают и полезные), и уже только потом удалял/оставлял его....