Наводящие вопросы:
1. что есть "стандартные средства"?
2. исключено ли влияние кеша и/или наличие уже залитого файла на измерение скорости? FTP поддерживает пропуск уже существующих файлов, например. И возможно TC просто не выкачивает файл, а сверяет его размер. Потому так быстро.
3. желательно использовать бинарный режим загрузки, если файл таки бинарный. Если ответ на вопрос №1 == "ftp.exe", то перед началом выгрузки файла нужно будет выставить тот режим командой binary. Если делать это в пакетном режиме, то придется лепить небольшой скрипт, который потом скармливать ftp.exe через ключ -s. Для проверки можно это сделать и руками. Подключиться к серверу, написать binary, а потом уже put с именем файла. И замерить. У того же ftp.exe есть ключ -w, который выставляет размер окна для обмена данными с сервером. Но не уверен, что именно он влияет.
Если нужно автоматизирование, то могу порекомендовать использовать что-то из более олдскульных тулзовин типа того же wput. У него и режимы переключаются из командной строки, и фреймы, и логгирование.