К сожалению не могу решить проблему. Ладно. Не подскажите что изменить, чтобы при переходе по 'https' выдавалась страница сайта, а не ''Apache is functioning normally'
Если у Вас VPS с полным доступом, то можете отредактировать файл в /etc/apache2/sites-available (второй способ как раз там и нужно использовать). Если нет, то смотрите в админке (не пользовался DirectAdmin, не знаю что к чему). И проверьте AllowOverride, возможно просто не разрешено использовать .htaccess.