Прототип к сверстанному сайту и можно применить, и нельзя.
Нельзя, потому что сайт уже сверстан же и прошел этап прототипирования.
Но можно, наверное, потому что если сайт не чисто информационный, то толку только от верстки никакого.
На ней можно понять только как что будет выглядеть, мб анимироваться и тп.
А вообще может вам нужен мокап?
Это как раз прототип с выделением цветами, какими-то примерными картинками (не заглушками) и с базовой функциональностью фронт-энда (то есть работающие меню, слайдеры, и т.п.)