1. очистка системных временных файлов :
включаете в features(компоненты) Desktop Experience (возможности рабочего стола) . Перезагружаетесь. После перезагрузки получаете стандартный cleanmgr.
1.a настраиваете cleanmgr. ключи коммандной строки
/sageset:n - настраиваете профиль очистки под номером n
/sagerun:n - запускаете настроенный профиль очистки под номером n.
и вообще читаете, например,
это или другую документацию, на сайте MS например, и настраиваете под себя.
Запускаете cleanmgr с нужными ключами по расписанию в планировщике задач.
2. Очистка пользовательских профилей
Включаете настройку групповой политики на этом сервере:
Computer Configuration -> Administrative Templates -> System -> User Profiles
Delete cached copies of roaming profiles
Теперь при логоффе пользователя его профиль будет выноситься.
Бывают проблемы что он не удаляется - но их надо решать отдельно.
Так же приучаете пользователей не хранить ничего на рабочем столе-документах терминального сервера, под хранение рабочих документов выделяете отдельный диск\сетевой диск, если хранить документы на компьютере пользователя неприемлемо.
Ну и используете remoteapp, конечно