К одному из слоев были применены эффекты или какие-либо другие настройки.
Чтобы объединить такой слой с другим, можно просто сохранить слой с эффектами отдельной картинкой, открыть его и поместить выше этого слоя. Затем объединить с тем, с которым нужно было объединять, но уже не первый слой, а отдельную картинку.
Так же можно объединять слои с применением маски.Тогда такого эффекта не будет.Попробуйте. Способов очень много. Тут важную роль будет играть ваше предпочтение и удобство в использовании))