Выбирай ANSI C.
Выбор компилятора зависит от выбора МК.
- AVR - AVR-GCC
- PIC - CCS или MPLab
- ARM - GCC ARM
Либо на ассемблере сразу фигачь.
Если нужно что-то быстро собрать в качестве прототипа, не разбираясь в регистрах и бутлодерах, можно взять AVR и быстро что-нибудь смастерить, используя Arduino фреймворк, но на устройствах с малым объемом памяти это неприемлемый вариант.