значит либо в хедере, либо в футере стоит компонент, который не находит либо раздел либо элемент инфоблока, а в настройках у него стоит "SET_STATUS_404" => "Y", . Элемент/раздел не найден - ставит заголовок 404.
Андрей: пробуй дебажить. Отключи сначала хедер, потом футер. Определи где проблема. Потом начина просто компоненты отключать по одному и смотреть когда появится 404.