Могу посоветовать платный плагин, который использую сам. Хоть он и платный, но 100% решит вашу задачу.
Filter Custom Fields & Taxonomies, плагин с AJAX-фильтацией по любым мета-полям. Так, что если вас там совсем деньгами не прижало, то 21$, потраченный на плагин, окупится.
Если в 1 группе выбираем чекбокс "Зло" то показывается 2 группа чекбоксов, если выбрали "Добро" то 3
Да, и можно добавить сколько угодно групп в иерархии. К примеру выбрали во второй группе "Дьявол" и появилась группа 4. Выбрали в третьей группе "Ангел" и появилась группа 5.